Portable Ops se petrece in anii 1970, la cativa ani de la profundele evenimente ale Metal Gear Solid 3, dezvaluind un alt capitol important din viata legendarului soldat pe nume Snake, cunoscut de asemenea sub numele de Big Boss. Un soldat pe toate partile, Snake trebuie sa mearga la o baza sovietica din America de Sud, si la inceputul jocului este capturat si tinut aici…de membrii fostei sale unitati FOX. Scapa cu ajutorul unuia tanar din Beretele Verzi, pe nume Roy Campbell, decizandu-se astfel sa lucreze impreuna pentru a pune capat la ceea ce se contureaza a fi o situatie foarte proasta intre fortele americane si rebelii militanti sovietici. Snake si Campbell sunt de acord ca nu pot sa reuseasaca doar ei singuri, asa ca incep sa recruteze niste soldati inamici pentru cauza lor. Pe masura ce povestea se desfasoara, Snake se va intalni cu cateva personalitati din trecutul sau inmuiat in sange si va descoperi cauza adevarata a ceea ce se intampla in baza sud-americana. Snake e deja, dupa cum e asteptat, un caracter complex si va reusi sa descopere si mai multe astfel de lucruri pana la sfarsitul jocului.