Actiunea din Metal Gear Acid 2 are loc in ceea ce pare a fi un univers alternativ . Snake este amnezic si se bazeaza pe o banda de mercenari pentru bunastarea lui, asta pana ce FBI-ul ii va captura pe toti. Snake este apoi mituit sa accepte o misiune periculoasa intr-o facilitate de arme, cunoscuta sub numele de Saint Logic, cu scopul de a-si elibera aliatii si a-si recastiga sa amintirile pierdute.